もしかして、広告の貼り方（バナー＆テキスト）が間違ってた？？
と思って本部に問合せをしてみました。
その結果、

(1)今回、テキスト・バナーそれぞれの広告から、アフィラックスタッフが
　登録テストを実施した結果、正常に２件とも反映されている事を確認。
(2)今回の場合、私・yohのサイトからお申込頂いたユーザ様が、何らかの理由で
　正常にアフィラックへの登録申込を完了できていないか、
　申込をされたという方が実際にはサイトバナーからお申込みいただいていない可能性もある。
(3)ユーザ様のPCの設定で、クッキーが有効にされていない場合もプログラムに反映されない。

というお返事をいただきました。
私から登録していただいたのは、お二人とも相互ダウンが成立した方なので、
(1)、(2)は考え難い･･･。
よって(3)が原因？と思ったのですが、アフィラックの登録フォームには、クッキーを有効にしてから登録してください、というような注意書きは特にないんです。
そもそも、みんな紹介報酬がもらえるから宣伝しているわけで、それがきちんと反映されないならイミないですよね･･･。
そこで、その点を再度問合せたところ、

「この点に関しましては、弊社サイトの"よくある質問"の中にクッキーについての説明として記載させていただいておりますが、今後パートナー様がきちんと目を通していただけるように記載する等、改善していきたいと思います。
広告を閲覧したユーザーのPC環境を弊社が把握することは大変無理がございますのでパートナー様の管理サイト側でその旨を記載して頂ければ幸いでございます。」

との回答をいただきました。
登録する際に利用規約には目を通しますが、よくある質問に必ず目を通すものかな･･･。
できたら登録フォームに注意書きしてほしいんですが･･･。
そして「宣伝する側でその旨を記載していただければ」とありますが、バナーやテキスト広告と一緒に記載しないといけないんでしょうか。
とりあえず、書いてみます。

◆登録する際の注意点
　　PCのクッキーを有効にしてからご登録ください。
　　やり方がわからない方は検索エンジンで「クッキー　有効」と検索すれば
　　たくさん出てきますので、よろしくお願いいたします。
◆宣伝する際の注意点
　　「PCのクッキーを有効にしてからご登録ください。」と注意書きする！！

思ったより売上に反映されていない、と感じている方や、これからこのことを注意書きして宣伝される方、必ずご自身で本部に問い合わせてご確認ください！
上記はあくまでも私が本部に問い合わせた結果ですので、よろしくお願いします。

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◆追記（9/10）
　結局３件の登録が発生したのですが、全て「否認」で確定されませんでした。
　原因はよくわかりません。　
　よって私はあまりオススメできないし、今後も宣伝してもメリットがない、
　と判断し、アフィラックは退会することにしました。